Vologda si trova sulla riva destra del fiume omonimo, che è un antico corso d'acqua che collegava questa città attraverso i bacini dei fiumi Sukhona e Sheksna con Arkhangelsk.
Per la prima volta nelle fonti storiche la città viene citata nel XII secolo. Nel XV secolo, Vologda era governata da Veliky Novgorod. Dal 1462 per vent'anni Vologda fu il centro del principato dell'appannaggio, ma dal 1481 cadde sotto il dominio del principato di Mosca, il cui sovrano era allora Ivan III.
Nel 1565 Ivan il Terribile decise di stabilire la sua seconda residenza oprichnina a Vologda. Voleva costruire qui un Cremlino di pietra e una fortezza. Migliaia di artigiani e contadini furono radunati a Vologda e la costruzione fu guidata dall'ingegnere inglese H. Locke. Nel piano, il Cremlino era un rettangolo. Sul lato settentrionale, era protetto dal fiume Vologda e su entrambi i lati fu scavato un fossato con acqua. Ma l'incursione del Khan di Crimea nel 1571 e la peste iniziata a Vologda costrinsero Ivan IV a tornare a Mosca. Con la partenza del re, la costruzione cessò.
A causa dell'assenza di serie fortificazioni, Vologda soffrì molto per l'invasione dell'esercito polacco-lituano nel 1612. Ma la città è stata rapidamente ricostruita e ha persino superato le sue dimensioni precedenti. Alla fine del XVII secolo, il centro storico di Vologda era costituito da quattro parti: Città, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad e Zarechye. Tuttavia, all'inizio del XVIII secolo, la posizione economica di Vologda si indebolì leggermente a causa della fondazione di San Pietroburgo e dello sviluppo del commercio nel Mar Baltico.
Nel 1708 Vologda fu incorporata nella regione di Arkhangelsk. Ma già nel 1719 la città divenne il centro della provincia di Vologda e nel 1796 il centro della provincia di Vologda, che esisteva fino al 1929.
Nel XIX secolo, la città divenne un luogo di esilio politico per molti membri dell'intellighenzia. Nel 1918, Vologda ha svolto il ruolo di "capitale diplomatica" della Russia per 5 mesi. Dopo la conclusione del Trattato di pace di Brest, qui si trasferirono temporaneamente ambasciate e missioni di 11 grandi stati, in particolare: Stati Uniti, Gran Bretagna, Francia, Giappone, Cina, Brasile, ecc.
Ora Vologda è un popolare centro turistico visitato sia da russi che da turisti stranieri.
