Per la prima volta Novgorod fu menzionato nella cronaca nell'859 - questa data è considerata il punto di partenza per l'età della città. Nell'862 nel "Racconto degli anni passati" c'è una storia sulla vocazione dei Variaghi in Russia. Il più anziano dei Varangiani che arrivarono, Rurik, iniziò a regnare a Novgorod.
All'inizio dell'XI secolo, Novgorod non differiva dalle altre città della Rus' di Kiev nella sua struttura. Ma nel 1014, il principe Yaroslav il Saggio si rifiutò di rendere omaggio a Kiev, e infatti Novgorod divenne indipendente. A Novgorod inizia la costruzione delle mura in pietra della città e della cattedrale di Sofia in pietra.
Nella seconda metà del XII secolo, i novgorodiani acquisirono il diritto a una veche - iniziarono ad eleggere un vescovo - la massima autorità ecclesiastica. Entro la fine del XII secolo, gli abitanti di Novgorod ricevettero il diritto di invitare i principi di qualsiasi città a governare e concludere un accordo con loro. Nel 1226, Alexander Yaroslavovich, che in seguito fu chiamato Nevsky, salì al trono di Novgorod.
Nel XIV secolo la città si chiamava Repubblica di Novgorod ed era una delle regioni più vaste e ricche d'Europa. La repubblica comprendeva i territori delle attuali regioni di Novgorod, Pskov, Leningrado, Arkhangelsk e le repubbliche autonome di Komi e Carelia. Anche la maggior parte delle lettere di corteccia di betulla scoperte appartengono a questo periodo. Ma alla fine del XV secolo, gli abitanti di Novgorod giurano fedeltà al principe di Mosca Ivan III.
Nel 1570, Ivan il Terribile arriva a Novgorod per pacificare i cittadini, accusati di una falsa denuncia del desiderio di andare in Lituania. Le guardie hanno fracassato e derubato Novgorod per diverse settimane e diverse migliaia di residenti sono stati uccisi.
All'inizio del XVII secolo, durante il periodo dei disordini in Russia, Novgorod fu occupata dagli svedesi, la popolazione fu ridotta a 800 persone. Nella seconda metà del XVII secolo, Novgorod fu colonizzata da coloni provenienti da Valdai, Tikhvin e da altre città circostanti. Nel XVIII secolo, con l'inizio della costruzione di San Pietroburgo, Novgorod perde finalmente la sua importanza commerciale ed economica. Alla fine del XVIII secolo, Novgorod iniziò a essere ricostruita secondo il piano generale. Nel 1862 in città fu aperto il monumento del Millennio della Russia.
Durante la Grande Guerra Patriottica, Novgorod fu occupata dai nazisti nell'agosto 1941. Il 20 gennaio 1944 fu liberato dalle truppe sovietiche.
Nel 1959 Novgorod ha celebrato il suo 1100° anniversario.